Edmana sekvencēšanas atslēga ir reaģents fenilizotiocianāts (PITC), ko sauc par Edmana reaģentu. Ja proteīna N-gals nav bloķēts, PITC viegli mijiedarbojas ar peptīda N-gala atlikumu sārmainā pH līmenī, tādējādi veidojot feniltiokarbamoilaminoskābes atvasinājumu. Neiznīcinot citu sekvencētā peptīda atlikumu peptīdu saites, N-gala secību var precīzi noteikt, noņemot un identificējot iezīmēto N-gala aminoskābi. Kad proteīna N-gals ir ciklizēts un bloķēts, -aminogrupa N-galā tiek modificēta (-aminoacetilēšana, metilēšana, piroglutamāts utt.), kā rezultātā N-galā trūkst brīvo aminogrupu. gala, kā rezultātā PITC nespēj faktiski saistīties ar proteīnu un galu galā padara neiespējamu Edmana degradācijas reakcijas tiešu norisi. Tāpēc Edmana sekvencēšanai ir noteikti ierobežojumi.
Ja N-gals ir ķīmiski modificēts vai tiek konstatētas ne- -aminoskābes, Edmana degradācijas sekvencēšanu nevar izmantot. N-gala bloķēšanai var atlasīt prasībām atbilstošus paraugus atbilstoši konkrētajai situācijai (dabā ir modificēti 50% dabīgo proteīna N-galu, un pie izplatītām modifikācijām var minēt acetilēšanu, metilēšanu, piroglutamātu u.c.); ja N-gals ir bloķēts šķīdumā esošo mazgāšanas līdzekļu vai ķīmisko vielu reakcijas dēļ ar proteīna parauga N-gala funkcionālajām grupām vai atdalīšanai un attīrīšanai izmantotā šķīdinātāja pH vērtība ir pārāk augsta, izvēlieties atbilstošs enzīms, lai noņemtu proteīna N-gala modifikāciju, vai izmantot masas spektrometriju, lai identificētu N-gala modifikāciju; ja ir zināma modifikācija, kas izraisa proteīna N-bloķēšanu, atbilstošo proteāzi var izmantot, lai noņemtu N-gala modifikāciju, un pēc tam sekvencēšanai var izmantot Edmana degradācijas reakciju.
Pašreizējā Edmana sekvencēšanas tehnoloģija var izmērīt tikai 30-60 aminoskābju atlikuma secību proteīna N-galā, kas ierobežo pilna garuma proteīna secības analīzi un noteikšanu. Protams, Edmana sekvencēšanu var izmantot arī, lai analizētu pilna garuma proteīna secību, iepriekš apstrādājot proteīna paraugu. Pirmkārt, proteīnu sagriež vairākos īsos peptīdos, izmantojot proteāzi, un pēc tam īsās peptīdu sekvences mēra secībā, izmantojot Edmana sekvencēšanas metodi. Visbeidzot, pilna garuma proteīna secību var izmērīt ar sekvences savienošanu.
Edmana sekvencēšana parasti netiek izmantota, lai noteiktu disulfīda saišu atrašanās vietu, un caurlaidspēja ir zema, tāpēc nav iespējams vienlaikus analizēt vairākus proteīnus. Masu spektrometrijas identifikācijas un Edmana sekvencēšanas priekšrocības var apvienot, lai panāktu augstas caurlaidības proteīnu identifikāciju un precīzu secības noteikšanu.